甲醛在低浓度下最初刺激眼黏膜，浓度稍高时刺激上呼吸道，引起咳嗽、胸闷，同时额部感到有特殊的压迫感，并使黏膜溃烂，进而在肺部引起炎症。其中最敏感的是嗅觉和刺激，因此其主要危害表现为对黏膜的刺激作用。
甲醛经呼吸道易于吸收，经鼻吸入的甲醛93%滞留在鼻腔组织中，高浓度吸入时会出现呼吸道严重的刺激和水肿、呼吸道阻力增高、呼吸频率下降、眼刺激、头痛。据介绍，当空气中的甲醛含量达到0.06~1.2毫克/立方米，就可以闻到味道；达到0.01~1.9毫克/立方米，眼睛有刺痛感；达到 0.1~3.1毫克/立方米，咽喉有刺激感；达到5.0~6.2毫克/立方米，人置身其中30分钟会流泪；12~25毫克/立方米，置身其中1小时会强烈流泪；37~60毫克/立方米，会出现水肿、炎症、肺炎；达到60~125毫克/立方米，人会死亡。
人体反复吸入小剂量甲醛可诱发过敏反应，出现哮喘；皮肤直接接触甲醛可引起过敏性皮炎、色斑、坏死。用各种哺乳动物细胞体外检测结果，证明甲醛具有诱发哺乳动物细胞基因突变的作用，并且对DNA有损伤作用。实验中，动物高浓度吸入染毒可引起鼻腔鳞状细胞癌。人群流行病学调查表明，接触甲醛患鼻、鼻咽和口腔癌的危险性升高